基于道德观念的驱使，下级官员反抗上级，历来也并不罕见，但大多引不起特别的注意，事情发生后不久，随即为人遗忘。然而海瑞却属例外，他得到命运的帮助，历史站到了他这一边。1562年，历任首辅几达20年的大学士严嵩为嘉靖皇帝免职，他所扶植的私人也不免相继倒台，其中包括胡宗宪和鄢懋卿。他们既被确定为坏人，海瑞在他们当权的时候敢于和他们作对，当然可以算得特行卓识。为此他的声望大增。这49岁的海瑞，虽然不是进士出身，官阶也仅为正七品，可是已经获得了在大众心目中成为英雄的可能性，只须再加以机缘，就可以把这一地位巩固下来。
1565年，海瑞再次表现了他直言的胆略。当时他已经升任户部主事，官阶为正六品，这是一个接近于中级官员的职位。当时的北京，并没有出现什么令人振奋的气象。相反的，南北两方都连连告警，急待增加收入以备军需。然而政府别无新的途径筹款，可行的办法还是不外挪借和增加附加税。前者并不增加收入，也没有紧缩支出，而仅仅是此款彼用；后者则使税收制度更加复杂和实际执行更加困难。户部是国家的财政机关，但是主事一类的官儿却无事可做。大政方针出自堂官尚书侍郎，技术上的细节则为吏员所操纵。像海瑞这样的主事，根本不必每日到部办公，不过是日渐一日增积做官的资历而已。
嘉靖皇帝当日已御宇40年。他的主要兴趣在于向神仙祈祷和觅取道家的秘方以期长生不死。他住在皇城中的别墅里，然而又不能以一般的荒惰目之，因为他除去不在公开场合露面以外，对于国家大事仍然乾纲独断，有时还干涉到细节。这位皇帝的喜爱虚荣和不能接受批评世无其匹，只接近少数佞臣，听到的是各种虚假的情况。当他发现大事已被败坏，就把昔日的一个亲信正法斩首，以推卸责任而平息舆论。这种做法使得廷臣但求自保而更加不去关心国家的利益。1565年，严嵩去职虽已3年，但人们对嘉靖的批评依然是“心惑”、“苛断”和“情偏”。然而他对这些意见置若罔闻，明明是为该臣所蒙蔽，他还自以为圣明如同尧舜。
经过慎重的考虑，阳历11月，海瑞向嘉靖递上了著名的奏疏。奏疏中指出，他是一个虚荣、残忍、自私、多疑和愚蠢的君主，举凡官吏贪污、役重税多、宫廷的无限浪费和各地的盗匪滋炽，皇帝本人都应该直接负责。皇帝陛下天天和方士混在一起，但上天毕竟不会说话，长生也不可求致，这些迷信统统不过是“系风捕影”。然而奏疏中最具有刺激性的一句话，还是“盖天下之人不直陛下久矣”，就是说普天下的官员百姓，很久以来就认为你是不正确的了。
这一奏疏的措辞虽然极端尖辣，但又谨守着人臣的本分。海瑞所要求于皇帝的不过是改变自己的作为，而这改变又非常容易，只需要“翻然悔悟”，由乱致治，也不过“一振作间而已”。言下之意是，如果皇帝能够真正振作，选择合宜的道路，赴之以决心，他还是有机会成为尧舜之君的。
这样的奏疏确乎是史无前例的。往常臣下向皇帝作诤谏，只是批评一种或几种政策或措施，这种指斥皇帝的性格和否定他所做的一切，等于说他这几十年的天子生涯完全是尸位素餐，而且连为人夫及人父的责任也没有尽到，其唐突之处，真的是古今罕有。
嘉靖皇帝读罢奏疏，其震怒的情状自然可想而知。传说他当时把奏折往地上一摔，嘴里喊叫：“抓住这个人，不要让他跑了！”旁边一个宦官为了平息皇帝的怒气，就不慌不忙地跪奏：“万岁不必动怒。这个人向来就有痴名，听说他已自知必死无疑，所以他在递上奏本以前就买好一口棺材，召集家人诀别，仆从已经吓得统统逃散。这个人是不会逃跑的”。嘉靖听完，长叹一声，又从地上捡起奏本一读再读。
嘉靖没有给予海瑞任何惩罚，但是把奏章留中不发。他不能忘记这一奏疏，其中有那么多的事实无可回避，可是就从来没有人敢在他面前那怕是提到其中的一丁点！皇帝的情绪显得很矛盾，他有时把海瑞比做古代的忠臣比干，有时又痛骂他为“那个咒骂我的畜物”。有时他责打宫女，宫女就会在背后偷偷地说：“他自己给海瑞骂了，就找咱们出气！”
此时嘉靖的健康已经欠佳，他曾经动过退位为太上皇的念头，可是这种放弃天下职责的做法，在本朝又并无先例。在1566年阳历2月底，他左思右想，气愤难平，终于下令锦衣卫把海瑞逮捕到东厂禁锢。刑部议决对海瑞按儿子诅咒父亲的律例处以绞刑，然而嘉靖皇帝在以前虽然批准过许多人的死刑，在这时候却没有在刑部的建议上作任何的批复，因此，海瑞就在狱中住了10个月。
有一天，狱中忽然设酒肴相待。海瑞以为这是临死前的最后一餐，他神色不变，饮食如常。提牢主事悄悄告诉他，皇帝业已升遐，新君不日即位，你老先生乃是忠臣，一定会得到重用，海瑞听罢，立刻放声号哭；号哭之余，继以呕吐。
1567年年初隆庆皇帝登极，海瑞被释出狱。对他的安排立即成了文渊阁大学士和吏部尚书的一个难题。他的声望已为整个帝国所公认。他当然是极端的廉洁，极端的诚实，然而从另外一个角度来看，也可能就是极端的粗线条，极端的喜欢吹毛求疵。这样的人不会相信为人处世应该有阴阳的分别，他肯定会用他自己古怪的标准要求部下和上司。对他应该怎么分派呢？看来比较稳妥的办法是让他升官而不让他负实际的责任。于是，在不长的时期内，他历任尚宝司丞、大理寺右寺丞、左寺丞、南京通政司右通政，官至正四品。这样一个闲曹自然不能令海瑞满意，因为他是伦理道德的坚决信奉者和实行者，对国家和人民具有高度的责任感。
1569年年初的京察，按照惯例，凡属四品以上身服红袍的官员都应当作出自我鉴定。于是海瑞在奏折中说：陛下既然赦免了我的死罪，又对我破格擢升，在所有的文臣之中，没有一个人会比我更加迫切地要求报答陛下的恩典。接着，他谦虚地声称自己才浅识疏；又接着，他表示自己现任的职务只是专管查看呈奏给皇帝的文书，看罢以后原封发送，既无财政责任，又用不着下左右全局的决心，但是连这样的一个位置还不称所职，所以不如干脆把我革退。
这样看来，海瑞并不是完全不懂得阴阳之道的精微深奥。他阳求罢免，阴向管理人事的官员要挟：如果你们真的敢于罢黜我这样一个有声望的、以诤谏而名著天下的忠臣，你们必然不容于舆论；如果不敢罢黜我，那就请你们分派给我能够实际负责的官职。
文渊阁和吏部终于向他低头。当年复天，海瑞被任命为南直隶巡抚，驻扎苏州。且不说这里是全国最富庶的地区，即使是一般地区，任命这样一位不由进士出身的人担任巡抚，也已属于罕见。但是这一地区历来号为难治，以海瑞的性格而就任斯职，有识见的人早就料到必然引起不良的后果。事实不出所料，8个月之后，他遇到劾参而被迫退休。