石勒统兵在鄯善一带与晋军交战，而晋军主力则一直在高昌，武器弹药也陆陆续续抵达高昌城。期间，虽然石勒派出一些骑兵试图中途劫杀，的确也给晋军的辎重部队造成一些损失。
但石勒很快就发现这样得不偿失，晋军的辎重兵并不像之前预料的那样战斗力低下，他们的战斗力甚至不下于正规军。辎重兵在羯族骑兵来袭时，往往结阵用火枪和弓弩还击。截击的羯族骑兵并不多，因为大股军马要经过晋军控制的地区，很难不被发现，小股在人数上没有优势，也很难全身而退。
到了六月下旬，主力部队和武器弹药陆续到达之后，云集在高昌的晋军各级将领一下子情绪高涨起来，纷纷要求与敌决战。但主帅张方却一反常态禁止各军出击，任由敌人在外面耀武扬威。
众将对此议论纷纷，皆云张方“畏战”，奇怪的是，身为主帅的张方居然不以为意，根本不去追究。此刻，云集高昌的晋军也已超过十万，众将纷纷请战，要求收复焉耆、车师。然而在这关键时刻，身为主帅的张方却突然病倒，连其参军竟然也消失不见。
就连后方长安都有人开始弹劾张方，这也可以看做是文官集团开始试图压制武将势力的膨胀。自打司马遹登基之后，大晋国内的军方势力就开始无限制的膨胀起来，尤其是在平定藩王之乱和胡汉大战中，文官集团基本上失去了对军事指挥指手画脚的权力。
这让一向以治国平天下为己任的文官集团相当不满，但是由于之前皇帝司马遹一直支持军方发展，再加上大环境上的需要，导致军方彻底挣脱了传统文官的控制，开始走向独立发展的道路。
但是文官集团一直试图重新控制军方集团，若不能将刀握在自己手中，那些文官恐怕睡觉都不踏实。然军方一直没有露出什么大破绽，也没打败仗。反而随着不断取得的胜利使得军人在大晋已经取得和士子一样的地位。
这一次好不容易逮着个机会，他们怎能不好好表现一番。自打得知张方‘躲在’高昌城内逡巡不前后，不少人都在参奏弹劾张方了，说他“畏敌如虎，虚糜巨万”。西域军需，几乎全部要从内地转运，虽然朝廷已经在凉州储备。但自凉州转运高昌，的确耗费巨大。
这一日，一帮言官御史又在旧事重提。
“十余万大军西征，未战便损数万，此皆统帅不能运筹之误。”
“大军悬于西域，一日便耗费数百万钱。久不与战，不能不揣度其情。”
“军情在万里之外，变化莫测岂是庙堂可预朕意已决！所谓疑人不用，用人不疑，朕既将边事赋予张卿，西域之事，众位爱卿便不要非议了。”
见大臣中还有人欲言。司马遹面色一沉：“军政分离，互不干涉，这是铁律！另外若有哪位爱卿自觉军事谋略可胜张方，敢立军令状，朕自可将玉门关外之事，尽托与之。”
皇帝此言一出，果然再无有敢于出声的了。这些言官御史，多数属于“名士清流之辈”。讲起大道理个个出众，真要说到领兵打仗，他们自己也知道自己“不是个儿”。
不过在司马遹自己心中，其实也忧虑得很，连牙都急痛了。后妃们虽是常加宽慰，可是他心中焦灼，却是与日俱增。
本来司马遹认为大军出征还不是手到擒来。但现实告诉司马遹远距离作战的困难简直不可想象。这一场西域之战，简直比当年胡汉大战还要困难的多。如今大军出征已经近一个月了，西北居然连个战报都没有过来，也难怪长安众说纷纭了。
这一日。后宫的妃子们为了讨司马遹欢心，在御花园内摆起了宴席和舞会。司马遹虽然心忧前线战事，但也不能拂了妃子们的好意。正当他心不在焉陪着后妃们饮酒作乐的时候，却见内侍小邓子跌跌撞撞地跑进来。皇后见状，轻声呵斥道：“小邓子，你也是宫中老人了，何以如此没有规矩。”
只见小邓子跪倒在地，将手中的信札高举过头，声音颤抖：“皇上，西域……西域大捷了。”
司马遹闻言，立时伸手将小邓子双手举着的信札抢了过去，而皇后和众位妃嫔，也不免面露喜色。司马遹看着手中的战报，不由喜极而泣：“张方将军拿下龟兹了！小邓子，传……传诏，朕要在太极殿设宴群臣，正四品以上官员、诰命，全数赴宴。长安城内张灯结彩，共庆捷报！”
战报是六百里加急传回的，而此时，距离大捷，已经是将近半个月了。
六月，张方统帅的骑兵部队只是与麻秋的羯族骑兵在高昌与焉耆之间发生过几次小的骑兵交锋，互有胜负。不仅如此，因为张方不许主力出战，晋军与羯族骑兵之间互有胜负，这也大大麻痹了敌军。
七月初四黄昏，从前线传来的紧急军报传进高昌城后，主帅张方的“重病”立时痊愈了。
他马上升帐，点兵，出击。众将领诧异之间，得到一个震惊的消息：麻秋已经在当日早晨放弃了焉耆城，向西面退走。
因为就在六月三十日，晋军一支精悍的龙骑兵部队突然出现在龟兹，此时龟兹只有大约五千守军，大半还是战斗力低下的龟兹人。
原来在张方还在张掖的时候，就立刻派人赶赴西域的马贤处，定下了一招“奇兵”——以高昌和鄯善两地吸引敌兵主力，然后以龙骑兵主力从鄯善、且末出发，穿越图伦碛（今塔克拉玛干大沙漠），奇袭龟兹（今新疆库车）。
为了保证奇袭成功，所有参与的龙骑兵配有一批其他部队没有的“战略物资”——千余峰骆驼，而这支龙骑兵，主要由早就适应当地环境的长史府所辖将士组成。
担任奇袭任务的晋军，冒着酷暑穿越沙漠，虽然此时自然环境比起后世要好一些，沿途甚至还可以找到些许水草，但比起中原的环境来说还是相当困难。十天的穿越大漠，厢军将士在付出损失三百余人、战马近千匹的代价之后，终于出现在龟兹城下。
石勒的主力全都集中在高昌和鄯善两地，在后方负责守护龟兹的基本上当初投降羯族人的士兵。这些士兵本来对羯族人没有多少认同感，若非一直慑于羯人的威胁，他们早就跑了，只是在羯人的屠刀下，这些士兵失去了反抗的勇气。
因此当晋军突然兵临城下的时候，龟兹人突然爆发出震天的欢呼声，不用晋军动手，负责守卫龟兹的士兵立即打开城池向晋军投降了。而城内留守的少部分羯人，在晋军的打击下迅速被歼灭，晋军顺利地占据龟兹城。
龟兹是麻秋的“后方基地”，一直以来麻秋都认为那里是最安全的地方。因此当龟兹失守的消息传到麻秋耳中时，他的第一反应是认为这是晋军在造谣。因为麻秋十分清楚，一旦龟兹丢失，他将被切断西逃的道路，除了被歼灭不会第二条路可走。
刚刚兵败鄯善的石勒闻讯也立即召集兵马西返，企图重新夺回龟兹。七月七日，麻秋大军前锋已经抵达龟兹城外，三万骑兵对龟兹城发动了进攻。然而，羯族人遇到了出乎意料的抵抗。
六千晋军在龟兹人的帮助下，开始了惨烈的城防战，为了夺回龟兹石勒的部下发起了一次次亡命似得的攻击。同时晋人为了充分的调动龟兹人的积极性，他们在龟兹城内大肆的宣扬羯人的凶残，声称一旦城破，所有人都将被羯族人屠杀掉！这样一来，城内龟兹人的积极性终于被调动起来，为了活命他们不得不与之前畏惧不已的羯人展开惨烈的厮杀！
麻秋军前锋首攻不克，退至三十外，等待石勒、麻秋大军到来。
初八晨，石勒、麻秋两路主力二十余万众抵龟兹，晋军据城力战。
初九日，张方以骑兵四万追至，石勒领兵回战，首战轮台双方杀成平手。
就在石勒与张方等在龟兹对阵之时，七月初八，马贤率一万骑兵南面杀来，很快击破石勒留在南面塔里木河沿岸的三万人马。
洪武十三年七月十一日，在疏勒东北（今巴楚一带），曾经投降石勒的疏勒贵族在接到羯族兵败的消息后悍然起兵反叛，这些贵族高举复国的旗号，大肆进攻疏勒各地。一时间曾经风光无限的羯族西域帝国，眨眼间就有分崩离析的兆头。
本来还志在夺取龟兹的石勒不得不选择再此西撤，在撤退途中，石勒仰天长叹：“天亡羯人啊！”
曾经意气风发的石勒和他的十八骑终于尝到了失败的苦果，石勒也终于醒悟过来，他所谓的帝国不过是空中楼阁、海市蜃楼罢了，他们羯族人在西域的根基太薄，再加上晋军没有给他们留整顿的时间，一旦战无不胜的羯族人打了败仗，曾经被压制的各种矛盾会彻底的爆发出来。