这种严格的纪律固然是取得胜利的必要保证，但是它的残酷性也实在使人不寒而栗。士兵离队小便就会受到割去耳朵的处罚，而且据传说，戚继光的第二个儿子由于违犯军法而被他毫不犹豫地处死。这样的严刑峻法也许已经离开了通常的人情，但是，戚继光的这一治军方针终于造成了一支坚强的部队，后来他调任蓟辽总兵，有一次在大雨中向全军训活，惟独他从南方带来的3000名军士能几个小时屹立不动，如同没有下雨一样。
然则严峻的纪律，仅是治军方针的一面；另一方面则必需鼓舞士气。士兵的自尊心和自信心在这里起着重要的作用。一支经常被敌人打得落花流水的部队谈不上自尊和自信，必胜的信念有赖于能力和技术，而能力和技术又来自平时的刻苦训练。
戚继光的训练方法得自专家的口授。这些宝贵的经验过去由于不为人所重视而没有见诸文字。到俞大猷才作了扼要的阐述，而戚继光则把所有的细节写成了一部操典式的书本。
操练技术的主要着眼之点，可以说是用“辩证法”的原理来分解动作。每一个动作都有相对的两个方面：身体有防盖和没有防盖的两个部分：一种姿式有动有静、正面和侧面的两种因素；有攻击则同时有防御。总而言之，既有阴便有阳，有阳亦必有阴。例如操练近身武器，也和拳术或舞蹈的原则相似，任何一个姿式都可以作三段式分解，也就是开始一稍为休憩而转变一继续进行又迄于静止，用戚继光的术语来说，就是“起-当-止”。这些姿式又按其不同的形态而有各种离奇的名目，例如骑龙式、仙人指路式、铁牛耕田式、太公钓鱼式等等。运用这些动作，要求“左右来俱有拍拉”，“后发先至”。至于在实战中和敌人决斗，除了熟练地掌握以上各种基本姿式和原则以外，最重要的乃是佯攻，亦即声东击西，出其不意。
在戚继光以前，在军队中受到重视的是个人的武艺，能把武器挥舞如飞的士兵是大众心目中的英雄好汉。各地的拳师、打手、盐枭以至和尚和苗人都被招聘入伍。等到他们被有组织的倭寇屡屡击溃以后，当局者才觉悟到一次战斗的成败并非完全决定于个人武艺。戚继光在训练这支新军的时候，除了要求士兵娴熟技术以外，就充分注意到了小部队中各种武器的协同配合，每一个步兵班同时配置长兵器和短兵器。在接战的时候，全长12尺有余的长枪是有效的攻击武器，它的局限性则是必须和敌人保持相当的距离。如果不能刺中敌人而让他进入枪杆的距离之内，则这一武器立即等于废物。［51］所以，戚继光对一个步兵班作了如下的配置：队长1名、火伕1名，战士10名。这10名战士有4名手操长枪作为攻击的主力。其前面又有4名士兵：右方的士兵持大型的长方五角形藤牌，左方的士兵持小型的圆形藤牌，都以藤条制成。之后则有两名士兵手执“狼筅”，即连枝带叶的大毛竹，长一文三尺左右。长枪手之后，则有两名士兵携带“镋钯”。“镋钯”为山字形，铁制，长七八尺，顶端的凹下处放置火箭，即系有爆仗的箭，点燃后可以直冲敌阵。
这种的配置由于左右对称而名为“鸳鸯阵”。右边持方形藤牌的士兵，其主要的任务在于保持既得的位置，稳定本队的阵脚。左边持圆形藤牌的士兵，则要匍匐前进，并在牌后掷出标枪，引诱敌兵离开有利的防御的位置。引诱如果成功，后面的两个士兵则以狼筅把敌人扫倒于地，然后让手持长枪的伙伴一跃而上把敌人刺死戳伤。最后两个手持锐把的士兵则负责保护本队的后方，警戒侧翼，必要时还可以支援前面的伙伴，构成第二线的攻击力量。
可以明显地看出，这一个12人的步兵班乃是一个有机的集体，预定的战术取得成功，全靠各个士兵分工合作，很少有个人突出的机会。正由于如此，主将戚继光才不惮其烦地再三申明全队人员密切配合的重要性，并以一体赏罚来作纪律上的保证。这种战术规定当然也并非一成不变，在敌情和地形许可的时候，全队可以一分为二，成为两个横队和敌人拼杀；也可以把两个镋钯手照旧配置在后面，前面8个土兵排成横列，长枪手则分列于藤牌手与狼筅手之间。
以藤牌、毛竹、铁叉作为标准武器，表现了戚继光的部队仍然没有脱离农民气息。但如果认为他不了解火器的功效，那是不符合实际的。他在实战中运用过火器，和将领讲解火器的利弊，并在奏折中提到了火器的重要性。然则终戚继光的一生，他仍然以上述的鸳鸯阵法作为主要的战术。这倒不是由于他因循守旧，而是牵涉到很多不易解决的复杂因素。
让战术全面现代化的建议，曾经被名将俞大猷提出过。他准确地指出，倭寇的特长是娴习陆战，水战的技术反而低劣。俞大猷主张，以有效的战船和火炮歼灭倭寇于海上，根本不让他们有登陆的机会。在战术原则上，在他所著的书里也明白指出：“海上之战无他术，大船胜小船，大铳胜小铳，多船胜寡船，多铳胜寡铳而已。”他给总督的禀帖中，曾经请求把陆军军费的一半用来配备水师。但纵使俞大猷的声望和战绩都十分卓著，这些有益的建议却始终没有被采纳，因而壮志未酬，赍恨以殁。
然则俞大猷本人也不可能理解，他的建议，所牵涉的问题和将要引起的后果已经超出军备问题而及于政治。他要求亲自率领“闽广大船数百艘，兵数万”，如果一旦成为事实，有关各省的财政就要从原来小单位之间的收支而被集中管理。与之相应，这些后勤机构的人员必须增加，而且必须一扫苟且拖沓的办事作风，保证规格和数字的准确，才能取得预期的行政效率以与现代化的军事技术相配合。而且和他们往来的各个机构，也必须同样地注重实际。然而我们这个庞大的帝国，在本质上无非是数不清的农村合并成的一个集合体，礼仪和道德代替了法律，对于违法的行为作掩饰则被认为忠厚识大体。各个机构之间的联系，从来也没有可资遵守的成文条例。俞大猷当然更不可能预见到，在未来的好几个世纪之内，上面这些情况在我们这个以农业经济为基础的国家里竟不能发生根本的改变。现代化的技术和古老的社会组织断然不能相容，要不是新的技术推动社会组织趋于精确和严密，那就是松散的社会组织扼杀新的技术，二者必居其一。
这种为个人力量所不可抗拒的社会因素，使俞大猷的计划毫无实现的希望，相形之下，戚继光的方案就比较现实。他没有去触动整个的国家体制，而只是脚踏实地，做他职责范围内力所能及的事。他从1559年开始招募了3000名士兵。两年之后，兵员增加一倍，1562年更扩大为10000人。可是他的部队从来也没有一个后勤司令，也没有一个固定的军需处和兵工署。在整个国家机构之中，也没有委派过向他的部队作后勤供应的专职人员。他部队中的装备和武器，来源于各府县的分散供应。这种情况自然不能保持武器的质量。在戚继光的著作中，就明确提到各地所造的鸟铳铳管常有炸裂的危险，以致使士兵提心吊胆，不敢双手握铳以作精确的瞄准。有的火炮，铅弹与口径的尺寸不合；有的火炮，则导火线无法燃点。有鉴于俞大猷的壮志难伸和火器的实际情况，戚继光所拟订的战术仅仅把火器的应用限制在有限的范围内。他说：“火器为接敌之前用，不能倚为主要战具。”在练兵的后期，他规定12个人的步兵队配备鸟铳2枝，一局（相当于一连）的鸟铳手，必定要有一局的步兵“杀手”协同作战。
按照俞大猷使军队现代化的计划，要求兵精械利，把原来两个士兵的军饷供应一个士兵，以部队的质量来代替数量。戚继光的看法则不同。我们帝国的军队是一支全能性的军队，也是一支长久性的军队。它经常的任务是面对内部的叛逆而非外部的侵略者，具体地说，就是镇压内地农民和边区的少数民族。地区间的人口过剩、灾害频仍、农民的流离失所、官吏的苛刻暴虐，都可以迫使暴动随时发生，而以我国幅员之大，这种所谓造反作乱的地点也极难预测，所以这个任务就不是一支高效率的机动部队所得以完成的。在多数情况下，官军会被造反者死死吸住，造反者熟悉当地的地理民风，官军往往会因之陷入被动而使质量的优势无从发挥。因此，数量的多寡就成为决定胜负的因素。除此以外，俞大猷计划中所创建的精锐部队，他们领取优厚的军饷，又不能和社会上的其他部门对流，那么这样一个浮游在社会上的军事团体非但不能解决上述的社会问题，相反还会引起新的社会问题。再往下推求，俞大猷要求建立现代化的海军以拒敌于国门之外，作战的目的，则在消灭国际贸易，也和世界历史趋势相反。