第二次忍界大战中，空之国空忍者村仗着高科技与五大国为敌，被木叶村击败。空忍者村首领神农带着残余分子远走海外建设基地，猥琐发育，积蓄力量。
死灰复燃的空忍村眼看连航空母舰都发展出来了，磨刀霍霍，想再等三四年准备充足后，就能展开复仇大计。但空忍村因为几乎与世隔绝，消息闭塞。得知横空出世的《坚毅忍者传》续集的信息慢了好几拍。
奈良鹿九根据书中少量线索，推测出空忍村余孽大致方位和范围。
三代火影猿飞日斩抱着宁可信其有，不可信其无的态度。果断派遣忍者部队，远赴海外侦查。各种侦查忍者各显神通，找到空忍村余孽并予以毁灭性打击。
空忍村的忍者个体力量和其他忍者村相比，就是战五渣。被木叶村忍者部队摸到老巢突袭后，一败涂地。连航空母舰都被油女一族忍者的虫子啃食殆尽。
只有少数幸运儿逃过一劫，借助飞行机逃跑。这还是因为远征的木叶村忍者部队人数捉襟见肘的缘故。木叶忍者以少胜多也就算了，全歼敌人就不可能了。
空忍村败得如此轻易，还有一个原因是这种关键时刻，首领神农不在。群龙无首之下，又无出色人才主持大局，岂有不败之理？
神农当时之所以不在，是因为他拟定好发展规划后，就将种田发展交给手下操心，自己当了甩手掌柜，已经十年多没有回去了。
这是因为败给木叶村后，他就醉心于寻找新的强大力量，比如说尾兽。可是尾兽已经被各个忍者村瓜分殆尽，而且他的正面战斗力也不强，打不过人柱力。
但他还有一根救命稻草，那是他早年偶然间从古籍中得知的关于零尾、零尾复活之卷轴的只言片语。并深信不疑，或者说不得不信，这是他最后的希望。
他有很高的黑暗医疗忍术造诣，也有一定的研究成果。但是巧妇难为无米之炊，就差足够的黑暗查克拉。如果能得到零尾的黑暗查克拉，他的实力就可以无需日积月累的修行锻炼，一步登天。为了得到零尾的术式，他伪装成流浪医生，潜入各国村子暗中打探消息，但是一无所获。
当他后知后觉知道《坚毅忍者传》续集后，大感不妙，但为时已晚。
果然，后来残存的旧部联系到他。他得知多年心血和基业一朝覆灭，气急攻心。更令他几欲吐血的是，木叶村做事滴水不漏，木叶村忍者在火之国雨林边境的村庄附近，找到空忍村遗址吴哥要塞——安克尔·班迪安（王都要塞的意思），并将其摧毁。
严格说来，这座有足够能源支撑就能飞行的石头构成的吴哥要塞才是空忍村的主体和象征，本身也是一个究极兵器。只是当年仓皇逃窜的空忍村忍者来不及带走，才不得不藏在毒物众多、危机四伏的雨林。
神农本来还幻想着得到零尾后，就将零尾的力量作为驱动吴哥要塞的能源，让吴哥要塞成为自己的王座，见证天空霸主空忍村的复兴。
可是连续两个噩耗传来，令他一蹶不振，王图霸业一场空。最重要的是，他老了，所剩时间不足以再次暗中将空忍村发展起来，所以雄心不再。
第二场中忍考试后，对空忍村有所关注的大蛇丸按图索骥找上门，与之密谈。
原来，大蛇丸早年和神农有段渊源。神农曾传授大蛇丸再生之禁术，但这只是草创阶段的不完全的忍术。
大蛇丸研究这个不完全忍术已经大有所获，他之所以得到异乎常人的强大生命力，这个忍术也是功不可没。他相信多年过去，原主人神农应该完善了这个忍术，而且与他的研究方向肯定会有所区别，对他而言很有价值。
大蛇丸很期待神农的完善忍术能带给他足够的惊喜，所以垂涎不已。
并且顺便邀请神农一起对付木叶村。敌人的敌人不一定是朋友，但大蛇丸和神农本就有一定的交情，所以有合作的基础。
可是神农虽然对木叶村满腔怨恨，但他颓废不已。
“要我和你一起对付木叶村？哈，晚了。我现在要人没人，要力量没力量，你还来找我做什么？看我笑话吗？”
“没人？空忍村忍者不是逃出一部分被你召集起来了吗？”
神农惨笑道：“剩下的一点乌合之众有什么用？”
“在我的计划里，你说的乌合之众可堪一用，”大蛇丸继续蛊惑道，“木叶村把你害得这么凄惨，难道你就不想报复？要说力量的话，我也有办法让你得到力量。但是作为交换，你将完整的再生之禁术给我。别告诉我这么多年过去，这个忍术你一点都没有改进。”
神农不屑道：“难道你想给我咒印的力量么？免了，我还想多活几年呢。”
“我这次来可不是空手而来，而是给你带来一份见面礼，你一定会满意的。听说你一直想要零尾复活之卷轴，我可是特意带来了。”
神农激动不已：“此话当真？你从哪里找到的？我还以为是虚妄。”
零尾也成神农的执念了，找了那么多年，他也不甘心自己的追求是镜花水月。
大蛇丸一脸怪异：“说出来你可能不信，是木叶村某个人帮我找到的。而且他一句话吩咐下去，下面就有人帮他找。相比之下，你一个人漫无目的的寻找，简直是大海捞针。我真是佩服你的毅力。”
神农差点失心疯：“木叶村？哈哈哈...我一直想找到的东西竟然在死敌木叶村那里？而且是木叶村的人找到的，如此强大的力量木叶村竟然瞧不上。我这些年的追求难道只是一场笑话吗？”
其实如果没有蝴蝶效应，按照剧情里时间来看，神农大概会两三年后在木叶村找到零尾复活之卷轴。
大蛇丸平静道：“强大么？我看过零尾的制造术式，这种人造尾兽的力量比起正统尾兽差远了，不过如此。也就你当个宝贝。而且零尾的力量不仅有隐患，还无法像尾兽一样用常规的封印术封印在人体被利用，不受控制。”
在大蛇丸看来，零尾简直就是坑。卷轴上说的“在人的内心产生黑暗时，让零尾附身”实在是模棱两可。是不是内心越黑暗越容易吸引零尾附身？内心黑暗又有什么标准？
大蛇丸自认为他的内心不算黑暗，只是别人难以理解他的想法。晓的那一群人才是内心黑暗。他是晓的叛徒，与晓为敌。如果他用零尾的力量，零尾会不会投敌钻入敌人的怀抱？这种资敌行为，他就敬谢不敏了。
“嘿，零尾在木叶村当真是明珠蒙尘，你们都不懂得利用零尾的力量。”
大蛇丸不置可否：“那么，合作愉快。”
于是神农和大蛇丸一拍即合，狼狈为奸。