光和七年(184年)，黄巾起义爆发，皇甫嵩与吕强上疏请求解除党禁，任左中郎将，与朱儁率军镇压黄巾军，战后以功拜左车骑将军、领冀州牧，封槐里侯。皇甫嵩到任后，上奏请求免冀州百姓一年的租税。后因得罪赵忠、张让而被罢免，改封都乡侯。皇甫嵩为了平定黄巾军，亲自率军同黄巾军进行大战，经过了三大战役，黄巾军终于被打垮，于是大汉进一步将黄巾军分割包围。
第一次大战役就是长社之战，长社之战爆发在东汉光和七年(184年)四月，在黄巾农民起义中，由于张角病重，黄巾军无力对大汉王朝进行毁灭性的打击，反而是大汉王朝在经过休养生息，同时各路诸侯开始自行征兵建军，反而进一步加强黄巾军分割包围起来，无法连成一片，使得黄巾军必须主动出击，而这一点正好被各地诸侯所抓住，各地诸侯集中优势兵力进行反攻，黄巾军居然被诸侯围住残杀，结果黄巾军死者数十万之众，慢慢失去了大胜之前的战果，地盘进一步丢失，活动空间也被压缩。
虽然黄巾军接连惨败，但是黄巾军的总体实力并没有被削弱，颍川(郡治阳翟，今河南禹县)黄巾军围攻汉中郎将皇甫嵩部于长社(今河南长葛东北)的一次攻坚战。
颍川黄巾军在波才的领导下向长社进发，皇甫嵩派大将朱儁领兵二十万御敌，朱儁少年时父亲就去世了，他的母亲曾经以贩买缯为家业，朱儁因孝养母亲而远近闻名。其为人好义轻财，乡里都敬重他。
与朱儁同县的周规在之前受征辟时曾向公府借钱百万以整饰衣冠。后来周规家贫不能偿还，朱儁于是以母亲的缯帛去为周规还债。朱儁母亲因此十分愤恨并怪责他。朱儁却以先贫后富的道理安慰她。本县县长度尚深以朱儁为奇，把他推荐给郡守韦毅，于是朱儁开始在郡中任职。后任太守尹端任用他为主薄。
熹平二年（173年），尹端征剿许昭失利，被州刺史举奏，应问斩刑。朱儁悄悄到京师，花费数百金，买通主持章奏的官员，把刺史的奏章加以改动，于是尹端才得输作左校。尹端见罪过减轻，大喜，但心中疑惑，不知为何得减罪过。朱儁也始终没对人提起过。
大破梁龙
下任太守徐珪荐举朱儁为孝廉。后升任兰陵县令。朱儁任官，有过人的才能，东海相又上表推荐。正好交州群盗并起，州牧、郡守软弱无能，不能禁止。另外，交趾的梁龙率众万人，和南海太守孔芝一起反叛，攻破郡县。
光和元年（178年），朝廷任命朱儁为交州刺史，前往平叛。朱儁受到任命，回到本郡检选家兵，调发士众，得五千人，分两路直奔交趾。到州界后，朱儁整束兵众，屯驻不动，派使者到南海郡察看虚实，宣扬威德，以震慑敌人之心。接着调集七郡兵士，一齐进逼，梁龙率军后退，朱儁乘机率军穷追，梁龙不甘心调转马头回身杀向朱儁，没想到被朱儁一刀所挥出的光波所杀，斩杀了梁龙，朱儁又率军围住叛军，在朱儁的神勇面前，叛军随即投降，逼降几万人，旬月之间，州郡平定。朝廷论功行赏，封他为都亭侯，食邑一千五百户，赐黄金五十斤，并征他入朝任谏议大夫。
而黄巾军的将领波才是张角最喜欢也是最得意的弟子，波才的法术和武功上都十分厉害，于是张角让他进攻长社活捉皇甫嵩，希望能突破封锁，而朱儁虽然法力和武功上不输波才，但是却是个鲁莽的指挥官，朱儁虽然拥兵二十万，可是他不知兵，朱儁不知道在他的二十万大军中有一半是新编入伍的新兵，这些士兵都没有接受过长期系统的训练，朱儁是员虎将，但是为人傲慢，他居然率军孤军深入，他放弃了在长社城外诱敌到长社城决战的战略。
波才大喜过望，于是波才也主动出击同朱儁对战，但是一交锋波才的军队就败下阵来，波才率军疯狂逃跑，朱儁大喜拼命追击，由于朱儁的军队不齐，十万重装步兵和装甲马车被抛在后面，只有十万精锐骑兵同朱儁一起追击黄巾军，即便失去了兵力上的优势，朱儁所率领的十万精兵也可以同波才所率领黄巾军一战，不过，波才所率领的黄巾军是配备了先进武器装备的黄巾精锐。
波才的黄巾军都是法术高手，他们可以运用法术驱使“飞天木鸟”、“铁牛”等，特别是“铁車流”特别厉害，铁桶战车是鲁班后人所创，可以一直以人力驱动，“铁車流”内部全部都是机械零件，是轴承、齿轮等组装成形，并加以链接，“铁車流”四周都装配着喷射管，喷射管内填充火药，然后在将圆形铁丸装入管内，用火把点燃铁管尾部的煤油灯芯，五名力量惊人的勇士不断踩踏齿轮，驱动“铁车流”的车轮向前。
“铁車流”虽然铁甲包裹，坚固异常，只是十分笨重，向前行进十分缓慢，不过几百辆“铁車流”一起出动，威势惊人，让第一次见到此情景的大汉骑兵望而生畏，不敢上前，朱儁也是第一次见到“铁車流”组成的战阵，不过朱儁毕竟是久经沙场的大将，他立即指挥骑兵分散开，然后想从“铁車流”边上奔驰而过，但是没想到，“铁車流”上的“喷射管”开始射出铁丸，铁丸飞射而出，大汉骑兵不少人和战马被铁丸击中，大汉骑兵连人带马倒地。
见到大汉骑兵纷纷倒地，波才立即让士兵施展法术，铁牛、铁狮、铁象等纷纷冲向大汉骑兵，大汉骑兵手中的武器，都是精钢宝铁所制成的，大汉骑兵用枪挑刀砍，铁牛被砍头、铁狮被刺穿、铁象被削腿，铁牛、铁象等纷纷倒地，不过很快铁牛、铁狮等又将断腿、破损的地方重新焊接修复，铁牛、铁象等继续向大汉军队发动攻击。
朱儁见情况不妙，朱儁立即指挥大汉骑兵利用速度拜托铁牛、铁狮等，不过此时大汉骑兵的阵型已经混乱，波才乘机率领黄巾骑兵发动攻击，波才率领的骑兵部队气势如虹，而被消耗过多体力的大汉骑兵则士气低落，不过朱儁勇猛异常，朱儁的长刀发出弧形红光波，朱儁挥出的光刀十分可怕，一扫一大片，有几千骑兵瞬间被切割成两半，不少人活生生在巨大的疼痛中死去。
波才见朱儁不可小觑，于是波才亲自策马来同朱儁对战，波才手持九环大刀，波才武艺也绝不是泛泛之辈，他提刀与朱儁的长刀比拼，虽然朱儁利用长刀一寸长一寸强的优势主动进攻，但都被波才快速闪电的刀法给格挡开，双方兵器交锋，碰撞出火花，朱儁见波才如此了得，也认真起来，朱儁加快出刀的速度，朱儁一加快出刀速度，波才眼前仿佛出现了万柄长刀向自己袭来，波才使出全力才勉强的挡开，不过波才已经十分狼狈。
波才见在武艺上不如对方，于是波才调转马头就跑，波才边骑着战马边双手快速结印，同时口中念念有词。
很快波才周围出现了几万铁人骑兵，波才使出了“金变之术”之“钢铁骑兵”，这些“钢铁骑兵”手持长枪、钢刀等武器，波才立即调转马头，率领“钢铁骑兵”向朱儁杀来，朱儁所率领的骑兵部队早就被敌军围困，朱儁只能孤军奋战，但是朱儁仍然奋勇向前，朱儁仍旧挥舞长刀施展半孤形光波，光波威力惊人，“钢铁骑兵”同样被拦腰斩断，不过波才很快就施展“金变术”之“重铸天功”之术。
很快钢铁骑兵也恢复如初，朱儁只能独自杀来一条路逃出敌军的包围圈，朱儁本来想去找落后的重装步兵，然后再率军来解救被围的骑兵部队，可是当朱儁找到重装步兵之时，朱儁发现波才派出的“飞行木鸟”正在轰炸大汉军队，黄巾军战士使用“风变术”，使巨大“飞行木鸟”在空中飞行，然后来到来到大汉军队上空，指挥木鸟将两支巨爪松开，将所抓的巨大铁蛋投下，巨蛋内装满火药，一摔地就发生大爆炸，巨大的爆炸产生巨大气浪，将周围的所有人掀上半空，炸裂的巨蛋碎片也到处乱飞，很多大汉士兵虽然身穿铠甲，但是也被铁片击穿，大汉士兵非死即伤。
朱儁也是第一次见到这样的场景，朱儁这个久经沙场的将军也被震撼，等轰炸过后，朱儁本想去收拢剩余的士兵，准备重振旗鼓，但是没想到，追击朱儁的“钢铁骑兵”此时正好赶到，在波才的率领下向大汉军队发动攻击，朱儁无奈之下也只好冲杀过去，在朱儁奋勇拼杀下，大汉军队终于杀出条血路，不过等冲出重围，朱儁清点人数的时候，朱儁震惊的发现自己的二十万大军，只剩下不足五千人，逼于无奈朱儁只好率军向洛阳退去。
波才率军大败朱儁，并收降了三万大汉军队，波才所率领的黄巾军士气大振，乘胜进围皇甫嵩于长社(今河南长葛东北)。义军声势浩大，守城官军仅数千人，不敢出战。皇甫嵩只能派人冲出包围向洛阳求援，波才认为大汉朝廷从洛阳出兵，是远水解不了近渴，于是他放走了皇甫嵩派出报信的骑兵，波才也通晓兵法，即便朝廷派军队，波才也不怕，波才正盘算着可以利用围点打援的计谋吃点救援的汉军，进一步扩大战果。
在长社之战时，波才能把朱儁给打败，把皇甫嵩围在长社，就已经说明他的本事。
此时大汉朝廷主要精力都放在对付张角的主力部队上，根本无法抽出兵力来解长社城之围，无奈之下，只能派曹操率领自己军队去救，并让其它部队配合，不过董卓、袁绍等人都只是率军观望，不愿出兵，只有刘备三兄弟也收到消息，立即率领两千骑兵向长社城进发，波才此时根本不把曹操和刘备所率领的军队放在眼里，波才表面上继续向长社城猛攻，暗地里却早已派出龙翔宇率军三万埋伏起来，只要曹操敢向自己发动进攻，龙翔宇就会率军截断曹操退路，然后前后夹击吃掉曹操的军队。