最早的深海栖舰毫无疑问地源于地球，最早出现的时代不明，但可以确定不会晚于一战，尤其是在德军的无限制潜艇战开始后。至于为何直到一战才会形成深海栖舰，具体原因尚不明朗。已确认的源于地球的深海栖舰最早记录为日德兰海战中沉没的不倦级战巡“玛丽女王”所化的XV型战巡。在地球形成的深海栖舰最晚纪录此前一直被认为是二战结束后，1946年的“十字路口行动”，但根据日本海军樱庭晓上将的报告，在日美联军收复阿留申海时发现了推测沉没时间为1970年以后的特型驱逐舰Верный转化成的战舰レ级（美称σ型战列舰）。
深海栖舰的本体是思念，其中绝大多数是怨恨。无论源于地球还是此世，任何不是死于/沉没于正面战争的人、军舰、飞机均会产生怨恨，其中尤其是主力舰的思念或怨恨，往往强大到足以形成高级深海栖舰。比较微弱的人类、试验舰艇、商船的怨念则会就近、趋同混杂起来，形成更低级的深海栖舰。话虽如此，实际上只要是舰船或舰娘的怨念均有可能形成高级深海栖舰，只不过战列舰的怨念更容易形成深海战舰、航母的怨念更容易形成深海空母的对应而已，毕竟高级深海栖舰会保留生前的技术能力，术业有专攻。
据推测，深海栖舰在形成后本应立即攻击地球的海洋，但由于某些未知的原因依然蛰伏于深海，直到一战结束后，由于人类的祈愿——尤其是二战期间的山口多闻和另一位不知名的日本军官在赴死之时的态度，使她们彻底离开地球，并来到了此世。由于此世并没有做好对付她们的准备，因此深海栖舰很快便开始了攻击。
自深海栖舰出现在此世以来，举凡被击沉于海中的人类、舰艇、也包括舰娘甚至深海栖舰本身，其所含的怨念也会产生深海栖舰。足够强大的高等深海栖舰可以借此原理复生，甚至不止一次，直到其思念被反复沉没的经历扰乱才会弱化。深海栖舰也可以依靠此种方式进行增员，而且——依照日本海军横须贺镇守府的舰娘报告，深海栖舰之中确实存在有会对沉没的舰娘进行**的微型亡灵存在，或许意味着她们是知晓并利用这被称为“深海栖舰化”的现象的。
依照日本东京的深海栖舰研究中心的说法，深海栖舰可以分为五类：最强的深海栖舰往往由单一的怨念/思念所化，拥有完整的人类外形、前世的记忆和战术能力，相应也可以和人类交流，称为高级亡灵类；与高级亡灵战斗力相仿、但往往由两到三个相近的怨念/思念集合而成、在完整的人类外形以外还多出了足以喧宾夺主的海兽部分，对前世的记忆比较模糊，心智并不十分健全（显得比较幼稚，而非不定时爆发），称为高级共生类；由单一的怨念所化但因为怨恨过强而丧失绝大多数理智的深海栖舰，虽然也拥有完整的人类外形，但一般情况下一部分身体会被隐藏起来（如潜艇的下半身，和轻巡的面部），称为低级缚灵类；由多于5个相近的怨念/思念集合而成的深海栖舰，往往只有少部分身体是人类外形，其余部分是怪兽，称为低级共生类；由更多的怨念/思念集合而成、除了“恨”以外没有任何一致性的深海栖舰，往往只是单纯的海怪而已，称为奇美拉类。一般前三者又被美国的学者称为人形深海栖舰（humanoidtype），低级共生类深海栖舰又被称为半人形（semi－humanoidtype），合成兽类又被称为非人形（non－humanoidtype）。
除了此种区分之外，亦有按照主炮射程区分深海栖舰的方式，即：炮击有效射程低于10海里的归类为驱逐，有效射程介于10——15海里的归类为巡洋，有效射程大于15海里的归类为战列舰，潜水雷击的称为潜艇，装备为飞机且不装备主炮的归类为航母。不过这种归类在面对某些特殊深海栖舰时失去了作用。此外，深海栖舰还存在有某些陆基或海上浮标类的“基地型”大型亡灵，她们则是被单独划分出来。
绝大多数深海栖舰都会随着击杀舰船、舰娘或其他武器和人类而获得更强的灵压、威力更大的装备。一般来说是存在着血红色灵光的精英（Elite）深海栖舰和金色灵光的旗舰（Flagship）（英美称冠军Champion）深海栖舰，而强大到足以“改装”的深海栖舰则会在正常的旗舰灵光之外，眼中冒出强烈的海蓝色火光，智慧也会大大提升。但是，也有着不适用于此规则的深海栖舰存在。其中包括上面所说同时拥有主炮、鱼雷和舰载战斗机的人形深海栖舰中的大部分，也包括所有的基地型深海栖舰。其中，除了一些发出微弱血红色灵光、浮标式的海上要塞属于非人形之外，其余都是人形。人形的家伙当中，发出血红色灵光的称为鬼舰（Demon），发出强烈火红色火光的称为姬舰（Devil）——在这里，亚洲诸国与欧美不同，欧美不把人形的基地类深海栖舰划入鬼姬之列，而亚洲诸国则只按照灵光的颜色来计算。
深海栖舰主要盘踞的区域是太平洋和大西洋，两洋的深海栖舰种类有着极大的不同。咖喱洋的深海栖舰数目则少得多，主要是从两洋与咖喱洋的交口处流动过去的。据推测，最早的大西洋深海栖舰几乎都源自地球的一战，而最早的太平洋深海栖舰几乎都源自地球的二战。虽然如此，二者的装备水平并没有代差。由于最早发现深海栖舰的是美国人，且深海栖舰的装备形制与英美舰娘的装备更加类似（很可能是因为两次世界大战时期英美的海军技术世界领先的缘故，不过也有与德国、意大利、法国、日本的舰娘装备类似的深海装备），因此深海栖舰的装备均采用英制单位（除了一些尚未实际测量过大小威力的高级品）。
大西洋的普通深海栖舰——排除了刚刚所说的基地和鬼姬之外——被英国人以发现的顺序逐一代入希腊数字，太平洋的普通深海栖舰则由于日美两国几乎同时发现，而有了两套不同的命名法：日本代入伊吕波歌的顺序，美国则代入希腊字母——如果希腊字母用完了再用拉丁字母，据说圣地亚哥的海军少将约书亚·约翰逊如此表示。
驱逐：
DDイ级（α型驱逐舰）日美均最早发现的深海栖舰，美方俗称“鲨鱼shark”
DDロ级（γ型驱逐舰）日2，美3，美方俗称“海豚dolphin”
DDハ级（δ型驱逐舰）日3，美4
DDニ级（ε型驱逐舰），日4，美5
轻巡：
CLホ级（ζ型轻巡洋舰），日5，美6，美方俗称“骷髅skull”
CLヘ级（η型轻巡洋舰），日6，美7
CLト级（ι型轻巡洋舰），日7，美9
CLツ级（τ型防空巡洋舰），日19，美19
雷巡：
CLチ级（θ型轻巡洋舰），日8，美8，美方俗称“万圣节Halloween”
重巡：
CAリ级（κ型重巡洋舰），日9，美10，美方俗称“骑士knight”
潜艇：
SSカ级（ξ型潜艇），日14，美14
SSヨ级（ν型潜艇），日15，美13
SSソ级（ο型潜艇），日18，美15
轻航：
CVLヌ级（π型轻航母），日10，美16
航母：
CVヲ级（ρ型航母），日12，美17
战列舰：
BBル级（μ型战列舰），日11，美12，美方俗称“屠夫slaughter”
BBタ级（λ型战列舰），日16，美11，美方俗称“女伯爵countess”
航空战列舰：
BBレ级（σ型战列舰），日17，美18，美方俗称“绞肉机mincer”
工作舰：
AFSワ级（β型运输舰），日13，美2，美方俗称“奶牛cow”
基地：
浮游要塞（floatingfortress）
护卫要塞（defensivefortress）
飞行场姬（Ms.Lycoris）
港湾栖姬（Ms.Wine）
离岛栖鬼（Miss.Peacock）
北方栖姬（Miss.Akutan）
中间栖姬（Dr.Mid）
鬼姬：
泊地栖鬼（Fort－Demon）
泊地栖姬（Fort－Devil）
装甲空母鬼（Aviation－Demon）
装甲空母姬（Aviation－Devil）
南方栖鬼（美方未接触，无英文名）
南方栖战鬼（Australasia－Demon）
南方栖战姬（Australasia－Devil）
BB战舰栖姬（Titan－Devil）
CV空母栖鬼（美方未接触，无英文名）
CV空母栖姬（Aircraft－Devil）
CV空母栖姬*
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关于舰娘
相较之人类的武器，深海栖舰的武装看上去十分微小，与迫击炮相当——但实际射程和伤害力却不亚于舰炮和鱼雷。且，深海栖舰本身和舰装均有着奇特的力场护盾——后来被确认为“灵力”防护层，可以极大地减损物理性质的伤害。因而，人类的武器对深海栖舰几乎完全无效，很快在深海栖舰的攻击下节节败退。
直到日本的技术人员（在当时已经身患绝症的山口多闻的提示下）通过研究深海栖舰的残骸发现了灵力护盾的秘密，并依据这种秘密成功地造出了如今被我们称之为“舰娘”的生灵为止。
舰娘的来源与最初的深海栖舰一样，都是来自地球，其中绝大多数是来自二战时期的军舰，除了极少数大型舰建造者之外，最晚的舰娘下水时间也不超过1946年。如果说深海栖舰代表着亡于大海的人类文明的“怨恨”的话，舰娘则是亡于大海的人类文明“荣誉”的体现，越是功勋彪炳或在战争中维持了人道准则的舰娘，其能力越容易得到强化，譬如更容易全弹命中的能力、航母的搭载量大于原本应有的数据等等。
舰娘的存在由两部分组成：一部分是与人类身体构造相同但身体素质明显强于人类、可以放出与深海栖舰性质相同的灵力护盾的人形部分，另一部分是依托于人形而存在、能够发挥与舰船相同的战斗能力的舣装部分。舰娘的本体是人形，或许可以称为精灵（elf）的存在，只要舰娘愿意，可以很方便地具象化或收回舣装，但无论是具象化、使用还是收回舣装，均需要消耗一定的燃油。因此，一般舰娘在港内日常生活时从不具象化舣装，而在战斗远征时从不收回舣装。
舣装的使用首先必然消耗燃油，其次一旦开火则必然消耗弹药。由于舰娘的战斗更多依靠灵力，舣装也被简化成为概念武装，舰炮的口径都统一为大口径、小口径（以原型武装的口径是否大于140mm为界）两种，机枪的口径也得以统一，补给和战斗间隙交换相对容易许多。除此之外，装备有舰载机的舰娘只要口服足够数量的航空铝，就可以在舣装中产生足以填满相应停机库的同型舰载机。所有的这些武装在人类手中与普通武器无异，但装备在舰娘的舣装上则可发射出饱含灵力的炮弹，足以与灵力护盾抗衡。
舰娘的舣装只有在100海里之内没有与自己相同原型的舰娘时，才能具象化，如果有相同原型的舰娘在同一区域开始具象化舰装，则只有最先具象化者才有效；如果复数个维持着舣装的舰娘彼此靠近达到这个距离，则只有当时的相对移动速度较快的一方能够保持。此处所说的100海里的距离，是指本体的距离，不包括炮弹和舰载机。
所谓“相同原型的舰娘”遵循以下规律：
1、相同原型指的是原身舰船的船体，拥有相同名字的前后两代不同舰船的舰娘不会排斥；相应地，进行现代化改装前和之后的同一艘军舰——哪怕更改了舰种——的舰娘依然会排斥。例：USN的本森级驱逐舰拉菲和萨姆纳级驱逐舰拉菲不会彼此排斥，IJN的时雨和USN的理查德·利理不会彼此排斥，但RN的战巡暴怒与轻航母暴怒会排斥。
2、不同国籍和名称的同一艘军舰的舰娘依然会彼此排斥，譬如日本的雪风和中国的丹阳。
3、深海栖舰与舰娘永远不视为相同的原型，无论由一二战地球军舰的怨念形成的高级亡灵与同一艘军舰为原型的舰娘，还是此世的舰娘被轰沉后转化的高级亡灵与同一艘军舰的舰娘都不会彼此排斥。
4、相同等级不同原型的深海栖舰不会造成排斥，非单一类型的亡灵（也就是除了高级亡灵和低级缚灵之外的所有深海栖舰）永远不出现排斥现象，地球军舰的怨念形成的高级亡灵与此世的以之为原型的舰娘沉没后转化的高级亡灵不会排斥，此世的两名同源舰娘轰沉后转化成的不同类型单一亡灵也不会排斥。只有此世的两名同源舰娘，轰沉后转化成相同等级的高级亡灵或低级缚灵，才会出现排斥现象。例：以本森级驱逐舰拉菲和白露型驱逐舰夕立为原型的两只南方栖鬼不会彼此排斥，佐世保的舰娘陆奥轰沉后转化的ル级战舰和以陆奥号战列舰为原型的ル级战舰不会彼此排斥，吴港的扶桑轰沉后转化的タ级战舰与大凑的扶桑轰沉后转化的チ级雷巡不会彼此排斥，但大凑的初雪轰沉后转化的チ级雷巡和文莱的初雪轰沉后转化的另一个チ级雷巡会彼此排斥。
5、与舰娘不同，深海栖舰改前与改后不视为同一等级，但普通、Elite和Flagship视为同一等级，续前例：大凑的初雪轰沉后转化的Eliteチ级雷巡和另一个初雪轰沉后转化的チ级雷巡改不会彼此排斥，但另一个初雪轰沉后转化的如果是Flagshipチ级雷巡则依然会排斥，直到其杀戮足够多或被其她深海栖舰转移力量，进入改型为止。
原本舰娘的灵力武器是对拥有任何性质的灵力护盾的事物均会发挥破甲的功效、对无灵力护盾的事物则与原本的武器效力相同的。但由于一系列的舰娘不堪海军军官的骚扰出手伤人，尤其是日本军官伊藤真琴（MakotoItou）被舰娘击杀的事件之后，日本不得不重新对深海栖舰进行了研究，并最终成功把舰娘的弹药设定为只对深海栖舰类拥有极强怨念的灵力装甲发挥破甲作用，而对生灵（包括其她舰娘）时，弹药包裹的灵力反而会帮助削弱弹药的杀伤力（实测结果，人类被主炮直击造成的伤害与被手枪射击的治疗难度差不多）。这也是人类侧与深海侧的武装的最大区别，深海栖舰的武器杀伤是无差别的，上位主力舰误杀护卫舰的目击报告比比皆是。
舰娘的本体与人类并无差别，只要其自己同意切断与舰装的联系，就可以停止对燃油的需求（也包括不经过味觉、消化系统转化燃油和铝的能力，极少数舰娘曾经有过在复员后忘记这一点误食燃油或铝导致中毒的案例），和普通人类一样地生活下去。据退伍军官报告，脱去舰装的前舰娘也将恢复生育能力和成长周期，应该也会随着时间衰老，不过是否与人类寿命一致尚不确定。
以二战日本海军为原型的舰娘在此世的日本出现后，很快便清除了日本近海的深海栖舰，并在半年之后收复了已经被深海栖舰几乎毁灭的冲之岛。而在此时，俄国终于从情报人员手中获得了关于舰娘的完整情报，并在两个月后成功产生了苏联舰娘。在俄国收复波罗的海的时候，舰娘的技术也逐渐被欧洲几大国掌握。而在此时，美国已经综合俄国和日本的内线情报，也产生了自己的舰娘。至今为止，已经有日、俄、美、德、英、法、中、意、西、葡、荷、土、阿根廷、巴西这13个国家拥有了舰娘的生产技术，其中美、日、英、土、德、法、意七国拥有可以与深海主力舰一战的主力舰娘，被称为“BNG7”（Blue－waterNavyGroup7，蓝水海军七大国）。实际上，还有一些国家譬如澳大拉西亚也拥有了该技术，但却无法生产出舰娘。根据目前经验，能够拥有舰娘的国家至少需要具备以下条件：
1、拥有与地球某个国家或地区极其接近的地理和文化特征，如果首都一致效果更好
2、其在地球对应的那个国家或地区在一战到二战期间是独立国家或独立国家联邦的成员（澳大拉西亚此期间是英国的领土，因而不满足此条）
3、其在地球对应的那个国家或地区在一战到二战期间——至少截止到1946年——拥有或至少拥有过海军舰只
2013年12月，美国发明了被称为大型建造的特殊生产线，投入的资源数量每每达到普通建造的十倍甚至百倍，可以造出因为知名度极其辉煌、战争末期甚至战后才正式服役等原因，此前无法建造的舰娘。这一技术在年内只有日本、俄国和中国学到。;