赵氏说得对，新皇登基，各种事务确实千头万绪。在段婉曦出征期间，在段思廉的主导下，朝廷针对所面临的问题作出了一系列的举措。
首先，安定关中周边局势，实施有效管理仍为重中之重。
邢末盗贼纷起，连关陇这个临近帝都的地区都有大大小小的割据政权不计其数，虽然几支较大的势力和一批小队伍相继归顺，但要完全肃清还有待时日。此外，一些郡县因为盗贼作乱所阻，同京师断绝联系，政令不通，隐然有自立割据的苗头，也需尽早派人安抚。为此，史重训在派段婉曦反击陇西薛岙的同时，采纳段思廉的建议，先后派出使臣和军队前往各郡县恢复联系，传达落实朝廷政策，对各地反叛势力采取怀柔手段予以拉拢，团结一切可以团结的力量，剿灭负隅顽抗者。
经过近五个月的努力，各郡县长官纷纷表示接受中央政府的领导，各路残余反叛势力也相继归附。到年底，关内一道和秦岭以南的汉中地区，基本上都牢牢地掌握在了段思廉手中。借扶风大胜之余威，段思廉还收服了陇东西秦势力范围内的平凉（辖今白银和平凉县南部）、河池（治梁泉县（陕西凤县凤州镇），辖梁泉、河池、思安、两当、同谷五县）两郡太守及汉阳郡（辖今甘肃省礼县、西和县及成县西北部）部分官员，大大压缩了西秦的战略空间。
在段思廉的怀柔下，割据四川的益州总管公孙越也遣使表示拥护，被封为剑南道抚慰大使，仍掌四川军政大权，负责为朝廷输饷。此举稳定了南方战线，让少受战乱影响的天府之国成为了长安（史重训登基后改名）朝廷的大后方，并为此后两年内的军事行动提供了充足的后勤保障。
其次，废除苛政，与民休息，争取百姓的支持。
史元爽穷奢极欲，修建行宫、开挖运河、用兵四方，无一不需要耗费大量人力物力和财力。为此朝廷设立了名目繁多的苛捐杂税，又大规模征发徭役，对百姓的人力和财力进行无节制的掠夺和索取。为了保证政策的执行，又大搞严刑苛法，对反抗者施以暴虐的刑罚。重刑之下，酷吏横行，囚徒遍地，百姓受尽欺压，家破人亡者不可胜计。种种倒行逆施的举措直接导致了海内反叛、盗贼横行的大乱局面。
段思廉和景廉等大臣对此看得十分透彻，只是碍于史元爽的权威敢怒不敢言。现在史元爽被踢开了，他们得到了大显身手的机会。段思廉进军关中之时就曾仿效汉高祖，严明军纪，“与民约法十二条，悉除邢苛禁”，所到之处必予以落实，因而深得百姓拥戴。主政以来，首先就从这十二条约法出发，在朝廷控制区域内全面推行约法，废除各项苛捐杂税、严刑酷法，大幅度减轻徭役负担。此外还责令各州县妥善安置境内流民，将所抛荒土地分给他们耕种，以最快速度稳定社会局势，劝课农桑，恢复工商业，促进经济的复苏。虽然都只是暂时性措施，但却令饱受苛政之苦的关陇、汉中百姓从水深火热中解放了出来。
其三，调整人事部署，整肃吏治，加强中央集权。
史元爽登基后，由于留守朝廷正式承担起全国性政权的责任，便根据段思廉的提议，充实三省六部的人事成员，尤其是负责执行的尚书省。由于史元爽个人意志，尚书省左右仆射一职自左仆射独孤醇去世，苏威罢官之后，皆未增补，长期空缺。经高文通申请，由其接任左仆射一职（仆射侍中同为从二品，高文通办事精明稳重，且由袁乔提拔，自愿受其领导）。右仆射由太原副留守、河东安抚使、晋阳宫监封一平遥领。升户部尚书郭崇任尚书左司郎，都吏户礼三部事；刘弘毅任工部尚书兼右司郎，都兵刑工三部事。加上此前所封彭鼎辉、迟进雄分掌兵部和刑部，郑泽慷任吏部侍郎，行尚书事，尚书省领导班子齐全，执行力大大增强。景廉以骨鲠敢谏出名，由正三品内史令转任侍中，接替高文通掌门下省；内史令一职由侍郎马伦接任，为段思廉作讨伐檄文的刘谦则替补了内史侍郎一职。其余职务各有调动，兹不赘述。
为整肃吏治，段思廉还兴起“打老虎”之风，重点惩治苛政害民的贪官恶吏。他命主持吏部、刑部的两个女婿组成专案组，派出考核人员巡查各地政务，受理举报，对仗势欺压百姓，民怨较大的贪官恶吏就地免职，移交刑部查处，该流放的流放，该杀头的杀头，为受尽压迫的百姓伸冤出气。
其四，压缩支出，缓解财政紧张问题。
拥立史元爽登基之后，段氏起兵的第一步目的已经达到，段思廉背负着卖国的骂名，依据同突厥的盟约，将长安城府库中的七成财帛，价值一百五十万的奇珍异宝、绫罗绸缎献给突厥始毕可汗作为回报。当然，作为深通谋略，心计极深的领导者，他在暗中做了一些手脚，最大限度地减轻己方的损失。
首先，暗中让郭崇会同太府丞（太府卿元文都也在东都）将太府寺所持有的现金一百五十万两和布帛三十万匹暗中疏散到长安城几个富户家中暂存，并连夜修改了户部账目，使得账面上只剩下价值二百来万的财帛，交给康峭利清点核对。
接着，派段婉曦和苏冰心去和康峭利接洽，表示目前财政紧张，希望在保持价值不变的前提下，多留下些现金和普通布帛，其他比较奢侈的消费品如绫罗绸缎、奇珍异宝，他们可以尽数带走。康峭利自从扶风一战后，对段婉曦姐妹的风采和才干五体投地，难以拒绝；而且他一个赳赳武夫，也不清楚这些奢侈品和真正实用的金银、布帛有什么区别，只道价值一般，便怎么也不吃亏；这些养眼的东西又吸引人的眼球，令他们垂涎三尺，因此很爽快地就答应了。
废除了苛捐杂税，朝廷连年用兵所带来的巨大开支和财政赤字就必须有相应措施予以弥补。段思廉命苏冰心为户部侍郎，与郭崇一起，依据现有财力重新编制预算，尽量砍掉不必要的冗费支出。随着关陇局势的稳定，朝廷在关中地区的用兵大为减少，再无旷日持久的进剿，这方面倒是省去了不少钱财。段思廉又同彭鼎辉等军方人物商议，准备对现有军队进行精简整编，裁弱留强，复员十万左右的兵员转为耕农，增加劳动力，减少财政供养的官兵，同时增强军队战斗力。这一进程因年底薛岙再次入寇而被打断。